Carrera como entrenador
Antes de su nombramiento como primer entrenador del Mónaco, fue el preparador físico y entrenador del segundo equipo del Mónaco. Fue nombrado como entrenador del primer equipo monegasco en enero de 1999. Ganó el Campeonato de Francia en 2000, con jugadores como Ludovic Giuly o Marcelo Gallardo. En julio de 2001, su contrato no fue renovado y abandonó Mónaco después de 24 años en el club como jugador y entrenador. En julio de 2002, se convirtió en el entrenador del Lille OSC.
Incidente con el Manchester United
Puel llegó a la polémica el 20 de febrero de 2007 en la Liga de Campeones de la UEFA en el partido contra el Manchester United en Lille. Después que Ryan Giggs anotase rápidamente un gol de falta a final del partido, Puel animó a sus jugadores a abandonar el terreno de juego como señal de protesta, aunque finalmente el partido continuó después de una breve demora. El mánager del Manchester United Sir Alex Ferguson describió el incidente después del partido, en una entrevista en la cadena británica ITV, como «vergonzoso» y de «intimidación al árbitro».
Olympique Lyonnais
Puel pasó a fomar parte del Olympique Lyonnais el 18 de junio de 2008. Firmó un contrato de cuatro años con el siete veces campeón francés. También se convirtió en el cuarto entrenador del Lyon en los últimos cuatro años.
Como entrenador logros:
* Campeón de la Ligue 1 (2000) con el AS Mónaco.
* Finalista Copa de la Liga de Francia (2001) con el AS Mónaco.
* Segundo lugar, Ligue 1 (2005) con el Lille.
* Tercer lugar, Ligue 1 (2006) con el Lille.